عقد مجلس المحافظين للمجلس العربى للمياه بتشكيله خلال الدورة (2007-2009) الاجتماع الرابع بالقاهرة يوم 16 ديسمبر 2009 وهو اليوم السابق لإنعقاد الجمعية العمومية للمجلس لإنتخاب أعضاء مجلس المحافظين للدورة (2010-2012) وحضر الاجتماع السادة المحافظون وعدد من السادة المراقبين من الجامعة العربية ومن المركز العربى للدراسات المائية والأمن المائى العربى ومؤسسة انفنت الألمانية لبناء القدرات وقد تناول مجلس المحافظين بالمناقشة عدة موضوعات هامة رفع بشأنها توصياته للجمعية العمومية للموافقة عليها كما يقتضى دستور المجلس وفى نهاية الاجتماع تقدم رئيس المجلس للسادة أعضاء مجلس المحافظين بالشكر والتقدير على تعاونهم وجهودهم الحثيثة التى وضعت المجلس فى مكانة متقدمة لبلوغ أهدافه فى هذه المرحلة المبكرة من إنشائه.
عقد الاجتماع الخامس لمجلس المحافظين بالقاهرة يوم 18 ديسمبر 2009 وجاء الاجتماع عقب انعقاد الجمعية العمومية للمجلس التى عقدت دورتها الثالثة بالقاهرة فى 17 ديسمبر 2009 والتى جرى فيها إنتخاب أعضاء مجلس المحافظين الجدد وتم فى إجتماع مجلس المحافظين انتخاب الرئيس وأعضاء اللجنة التنفيذية للمجلس ونظراً لأهمية بعض الموضوعات المطروحة على المجلس فقد امتدت الجلسة لمناقشة تعديل اللائحة الداخلية للمجلس بعد إعتماد الجمعية العمومية لتعديلات الدستور والسعى لزيادة الموارد المالية للمجلس وإعتماد استراكات العضوية فى المجلس وأخيراً التصديق على اختيار الأعضاء الأربعة الذين يختارهم المجلس لعضوية مجلس إدارة الأكاديمية العربية للمياه.