تواجه الأمة العربية تحديات جسيمة ومتزايدة فى مجال المياه مع بداية القرن الواحد والعشرين. وفى ضوء هذه التحديات الداخلية والخارجية عقد المؤتمر الإقليمى الثانى للمياه العربية بمدينة القاهرة بجمهورية مصر العربية خلال الفترة من 13 - 15 أبريل (نيسان) 2004.

وفى إطار هذا المؤتمر إجتمع يوم 14 أبريل (نيسان) 2004 ما يقرب من 400 خبير وعالم مختص بشئون المياه فى العالم العربى يمثلون 17 دولة عربية والعديد من المؤسسات الإقليمية والدولية والجامعات ومؤسسات البحوث والقطاع الخاص وممثلى منظمات المجتمع المدنى. وقد  شارك ايضا العديد من الوزراء المسئولين عن شئون المياه بالدول العربية.  

وقد خلص الاجتماع الى الموافقة على إنشاء المجلس العربى للمياه كمنظمة لا تهدف للربح واعتبار المشاركين فى الاجتماع التأسيسى بمثابة الجمعية التأسيسية للمجلس العربى للمياه وتشكيل لجنة تأسيسية من ممثلى الهيئات العاملة فى مجال المياه وتكليف الدكتور محمود ابوزيد وزير الموارد المائية والرى بجمهورية مصر العربية برئاسة اللجنة التأسيسية وأختيار مركز البيئة والتنمية للإقليم العربى واوروبا (سيدارى) أو وزارة الموارد المائية والرى بجمهورية مصر العربية لتكون مقرا مؤقتا لسكرتارية المجلس.